Растительный мир
Растительность заповедника имеет поясной характер. Пояса сменяются по мере подъёма в горы так: горно-таежный (лесной), субальпийский (подгольцовый), альпийский (гольцовый). А на хребте Кодар на высотах выше 2700 м простирается нивальный пояс льда, снега и камня, где выживают лишь такие растительные организмы, как эпилитные (накипные) лишайники.
Леса расположены по днищам речных долин, некрутым склонам и невысоким плоским водоразделам. Граница леса проходит на высоте 800 – 1200 м, но кедровостланиковые заросли часто встречаются и ниже на каменных склонах. Леса занимают не более 12 % площади заповедника. Главная лесообразующая порода – лиственница Гмелина или даурская. На песчаных почвах, старых гарях и вырубках растут леса из сосны обыкновенной. Реже встречаются чистые еловые, пихтовые и кедровые темнохвойные леса. Самые распространенные в заповеднике смешанные леса, в которых наряду с хвойными породами произрастают лиственные деревья – осина, береза плосколистная, тополь душистый, чозения толокнянколистная – реликт третичного времени, дошедший до наших дней с тех времен, когда был влажный и теплый климат. Выше всех древесных пород поднимаются в горы береза шерстистая и ель.
Выше границы леса расположен субальпийский пояс – это труднопроходимые северные джунгли из кустарников, преимущественно, кедрового стланика и берёзы растопыренной. Кедровостланиковыми зарослями занято 33% площади заповедной территории. Произрастают в них рододендрон золотистый (кашкара), смородина душистая, душекия кустарниковая, многочисленные виды ив и другие кустарники.
Ещё выше, в среднем, с высоты 1500 м над уровнем моря простирается пояс горных тундр и альпийских лужаек. Высокогорья Витимского заповедника отличаются так называемым «многоснежьем» в зимние месяцы, сильным промерзанием грунтов, поэтому более всего развиты моховые и кустарниковые тундры. Растительный покров сложен многочисленными видами мхов и лишайников. Кустарнички представлены карликовыми ивами, карликовой берёзкой, кашкарой – рододендроном золотистым, рододендроном Редовского, кассиопеей, дриадой (куропаточьей травой). В высокогорьях хребта Кодар произрастают эндемики – остролодочник кодарский, одуванчики ложноснежный и муйский, мак ложносероватый. А всего в заповеднике произрастает 15 эндемичных видов
Альпийские лужайки, занимающие узкие полоски вдоль ручьев в условиях хорошего дренажа, в середине лета превращаются в пышные цветники. Лазурные аквилегии, синие змееголовники, белоснежные ветреницы, изящные камнеломки, огненные купальницы и лютики и многие другие цветущие растения соседствуют с летующими снежниками, ледниками, каменными осыпями и скалами.
В настоящее время отмечено 1085 видов растений, что еще не в полной мере отражает разнообразие местной флоры.
В Витимском заповеднике произрастают редкие виды, занесённые в Красную книгу России, Красную книгу Иркутской области.